Der archäologische Zweig des Instituts wurde 1990 in Darmstadt (am Theologischen Seminar Marienhöhe) gegründet und ist nun an der Theologischen Hochschule Friedensau angesiedelt. Dieser Gründung gingen intensive archäologische Forschungen in den Jahren 1983 bis 1991 unter der Leitung von Prof. Udo Worschech voraus. Kontinuierlich finden seitdem archäologische Arbeiten unter der Leitung von Prof. Udo Worschech bzw. später unter der Leitung von Prof. Friedbert Ninow statt. Seit 2017 gestalten die La Sierra University in Kalifornien, USA, und die Theologische Hochschule Friedensau dieses als Gemeinschaftsprojekt. Durch Publikationen und Vorträge seiner Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sowie Ausstellungen hat das Institut auf seinem speziellen Forschungsgebiet bereits internationale Beachtung gefunden.

Forschungsschwerpunkte sind die Ausgrabungsarbeiten in der moabitischen Stadt Ar (Jes 15,1), heute el-Balu', die als größte Stadtanlage in Jordanien gilt. Durch die Oberflächenbegehungen (Surveys) werden neue Ortslagen entdeckt, zeitlich eingeordnet, ihre Zusammenhänge mit sozial-geografischen Veränderungen durch die Jahrhunderte untersucht. Ziel ist es, die Bezüge zu Kultur und Geschichte, die im Alten Testament zwischen Israel und Moab erwähnt werden, auf eine wissenschaftliche Basis zu stellen. Die Forschungen wurden in der archäologischen Reihe: „Beiträge zur Erforschung der antiken Ard el-Kerak (Moab)“ bis 2014 veröffentlicht. Eine Abschlusspublikation über die Surveys wird derzeit vorbereitet. Das Institut besitzt umfangreiche Keramiksammlungen, Kartenmaterial und Literatur zu seinem Forschungsgebiet. Im Friedensauer Museum sind einige der gefundenen Objekte aus Ar ausgestellt.

In der archäologischen Abteilung des Friedensauer Museums wird ein allgemeiner Überblick zu wichtigen Epochen der Geschichte und Archäologie des Vorderen Orients mit biblischem, vor allem alttestamentlichem Bezug in angrenzenden Räumen dargestellt. Hierbei geht es im Wesentlichen um große Entdeckungen, bedeutende Objekte, historische Abläufe in Religion und Gesellschaft. Das Museum besitzt aus diesen Epochen einige Originale sowie Replikate und bemüht sich um Sonderleihgaben aus Israel und Jordanien. In einem weiteren Raum des Museums befindet sich eine ethnologische Ausstellung der nomadisch-bäuerlichen Kultur der Neuzeit (ca. 1850 bis Gegenwart) aus Jordanien.

Dem Institut für Bibelwissenschaften und biblische Archäologie ist außerdem der Bereich der Ausbildung in den biblischen Sprachen zugeordnet. Fundierte Kenntnisse in den Grundsprachen der Bibel gehören zu den Voraussetzungen des Theologiestudiums. Dazu zählen das alttestamentliche Hebräisch und die griechische Sprache des Neuen Testaments. Eine Graecums- und Hebraicumsprüfung wird jeweils nach einem Intensivvorkurs und einem Semester Unterricht angeboten.

Ein weiterer Zweig des Instituts ist die Verknüpfung zu den bibelwissenschaftlichen Disziplinen. Das Institut bietet die Möglichkeit für Forschungsarbeiten im Spektrum zwischen dem Alten bzw. Neuen Testament und der levantinischen Archäologie.